Sempre nel quadro della cooperazione parlamentare nel bacino del Mediterraneo, l'Unione interparlamentare ha avviato un intenso dialogo nell'ambito del Mediterraneo nell'ambito della Conferenza interparlamentare per la sicurezza e la cooperazione nel Mediterraneo (CSCM) che ha portato alla creazione dell'Assemblea parlamentare del Mediterraneo (PAM), la cui Sessione inaugurale si è svolta ad Amman il 10 e 11 settembre 2006, sotto l'egida dell'Unione interparlamentare.
Dopo la Sessione inaugurale di Amman, la seconda Sessione Plenaria si è tenuta a Malta dal 22 al 24 novembre 2007; la terza Sessione Plenaria nel Principato di Monaco dal 13 al 15 novembre 2008; la quarta ad Istanbul, Turchia, dal 23 al 25 ottobre 2009, dove si è tenuta anche la 1a riunione dei Segretari generali dei paesi membri della PAM; la sessione 2010, si è svolta in Marocco dal 28 al 30 ottobre 2010; la sesta si è svolta a Palermo, dal 27 al 30 ottobre 2011. In occasione della settima Sessione Plenaria, tenutasi a Malta il 13 ottobre 2012, è stato eletto Presidente di turno dell'Assemblea il senatore Francesco Amoruso.
Secondo quanto prevede il suo Regolamento, sono membri dell'Assemblea, su loro richiesta, i Parlamenti dei paesi rivieraschi mediterranei, nonché Andorra, Giordania, l'ex Repubblica iugoslava di Macedonia, Portogallo e San Marino.
Ad oggi i membri dell'Assemblea sono 26: Albania, Algeria, Andorra, Bosnia Erzegovina, Croazia, Cipro, Egitto, Francia, Giordania, Grecia, Israele, Italia, Libano, Libia, Malta, Monaco, Montenegro, Marocco, Palestina, Portogallo, Serbia, Slovenia, Siria, Ex repubblica iugoslava di Macedonia, Tunisia e Turchia.
Le delegazione dei Parlamenti italiano è designata dal Gruppo italiano dell'Unione Interparlamentare e nella XVI legislatura era composta da: Antonio Martino, Capo delegazione in quanto Capo del Gruppo UIP del Parlamento italiano, on. Sesa Amici, sen. Francesco Maria Amoruso, divenuto poi Presidente della PAM, Angela Napoli.
L'Assemblea si riunisce una volta l'anno ed elegge, con mandato biennale, l'Ufficio di Presidenza dell'Assemblea, composto dal Presidente, da quattro Vice Presidenti e dai Presidenti delle Commissioni permanenti. L'Ufficio di Presidenza si riunisce almeno tre volte l'anno.
Il lavoro dell'Assemblea è svolto da tre Commissioni Permanenti che esprimono opinioni e raccomandazioni: Cooperazione politica e di sicurezza; Cooperazione economica, sociale e ambientale; Dialogo tra le civiltà e diritti umani. Lo Statuto dell'Assemblea prevede anche la creazione di comitati ad hoc e Task Force per specifiche tematiche.
L'Assemblea è dotata di un Segretariato con sede a Malta.