Sempre nel quadro della cooperazione parlamentare nel bacino del Mediterraneo, l'Unione interparlamentare ha avviato un intenso dialogo nell'ambito del Mediterraneo nell'ambito della Conferenza interparlamentare per la sicurezza e la cooperazione nel Mediterraneo (CSCM) che ha portato alla creazione dell'Assemblea parlamentare del Mediterraneo (PAM), la cui Sessione inaugurale si è svolta ad Amman il 10 e 11 settembre 2006, sotto l'egida dell'Unione interparlamentare.
Dopo la Sessione inaugurale di Amman, le sessioni si sono svolte con cadenza annuale. L'ultima sessione, la decima, ha avuto luogo a Tirana il 18 e 19 febbraio 2016.
Secondo quanto prevede il suo Regolamento, sono membri dell'Assemblea, su loro richiesta, i Parlamenti dei paesi rivieraschi mediterranei, nonché Andorra, Giordania, l'ex Repubblica iugoslava di Macedonia, Portogallo e San Marino.
Ad oggi i membri dell'Assemblea sono 26: Albania, Algeria, Andorra, Bosnia Erzegovina, Croazia, Cipro, Egitto, Francia, Giordania, Grecia, Israele, Italia, Libano, Libia, Malta, Monaco, Montenegro, Marocco, Palestina, Portogallo, Serbia, Slovenia, Siria, Ex repubblica iugoslava di Macedonia, Tunisia e Turchia.
Le delegazione del Parlamenti italiano è designata dal Gruppo italiano dell'Unione Interparlamentare e nella XVII legislatura è presieduta dal sen. Francesco Maria Amoruso e composta dai deputati Antonio Martino e Giorgio Soriale e dai senatori Luigi Compagna ed Emma Fattorin, che ricopre anche la carica di Vice Presidente dell'Assemblea e Presidente della 3^ Commissione.
L'Assemblea si riunisce una volta l'anno ed elegge, con mandato biennale, l'Ufficio di Presidenza dell'Assemblea, composto dal Presidente, da quattro Vice Presidenti e dai Presidenti delle Commissioni permanenti. L'Ufficio di Presidenza si riunisce almeno tre volte l'anno. La carica di Presidente dell'Assemblea è ricoperta nel 2016 dal senatore Lhou Lmarbouh (Marocco). Dal 2013 al 2014 la carica è stata ricoperta dal senatore italiano Francesco Maria Amoruso.
Il lavoro dell'Assemblea è svolto da tre Commissioni Permanenti che esprimono opinioni e raccomandazioni: Cooperazione politica e di sicurezza; Cooperazione economica, sociale e ambientale; Dialogo tra le civiltà e diritti umani. Lo Statuto dell'Assemblea prevede anche la creazione di comitati ad hoc e Task Force per specifiche tematiche.
L'Assemblea è dotata di un Segretariato con sede a Malta.