L’art. 16 del decreto-legge 112/2008, convertito dalla legge 133/2008 (A.C. 1386) ha previsto che le università pubbliche possono deliberare la propria trasformazione in fondazioni di diritto privato ed ha dettato alcuni principi relativi allo status e al regime giuridico applicabile, nonché alle forme di vigilanza e controllo da parte dello Stato.

La fondazione universitaria è caratterizzata da autonomia gestionale, organizzativa e contabile. Essa subentra in tutti i rapporti giuridici attivi e passivi dell'università, inclusa la titolarità del patrimonio, acquista la proprietà dei beni immobili già in uso all'ateneo, ed è ente non commerciale: pertanto, eventuali rendite, proventi o utili derivanti dallo svolgimento delle attività statutarie devono essere interamente reimpiegati in funzione degli scopi istituzionali.

La trasformazione è deliberata dal Senato accademico, a maggioranza assoluta, e approvata dal Ministro dell'istruzione, dell'università e della ricerca, di concerto con il Ministro dell'economia e delle finanze.

Ai due dicasteri spettano, altresì, l’approvazione dello statuto e dei regolamenti di amministrazione e di contabilità e l’esercizio delle funzioni di vigilanza; qualora si riscontrino gravi violazioni di legge relative alla corretta gestione della fondazione stessa, è prevista la nomina di un commissario straordinario e, quindi, la nomina dei nuovi amministratori.

La Corte dei Conti opera il controllo sulla gestione finanziaria e riferisce annualmente al Parlamento.

I contributi e le erogazioni liberali alle fondazioni sono esenti da tasse e imposte indirette e sono interamente deducibili dal reddito del soggetto erogante, mentre le spese notarili per gli atti di donazione sono ridotte: in tal modo, si è inteso incentivare l’afflusso di risorse private.

Resta, peraltro, fermo il sistema di finanziamento pubblico, per la cui ripartizione l'entità dei finanziamenti privati di ciascuna fondazione costituirà elemento di valutazione a fini perequativi.

Alle fondazioni universitarie continuano ad applicarsi tutte le disposizioni vigenti per le università statali, purché compatibili con la loro natura privatistica.