L'elenco delle reti ferroviarie interconnesse alla rete nazionale è contenuto nell'allegato 1 del decreto ministeriale 5 agosto 2016:
1. Ferrovia Adria-Mestre;
2. Ferrovia Adriatico-Sangritana (San Vito-Castel di Sangro Lanciano; Torino di Sangro - Archi);
3. Ferrovia Arezzo-Stia-Sinalunga;
4. Ferrovia Santa Maria Capua Vetere-Piedimonte Matese-Benevento-Cancello;
5. Ferrovia Bari-Barletta;
6. Ferrovia del Sud Est;
7. Ferrovie del Gargano (Foggia-Lucera; San Severo-Rodi-Peschici);
8. Ferrovia Settimo Torinese - Pont Canavese;
7. Ferrovia Bologna-Portomaggiore-Dogato;
9. Ferrovia Casalecchio-Vignola;
10. Ferrovia Ferrara-Codigoro;
11. Ferrovia Ferrara-Suzzara;
12. Ferrovie Reggiane (Reggio Emilia - Guastalla; Fiano d'Enza Sassuolo San Lazzaro);
13. Ferrovia Modena-Sassuolo;
14. Ferrovia Parma-Suzzara;
15. Ferrovie Nord Milano;
16. Ferrovia Terni-Perugia-Sansepolcro;
17. Ferrovia Perugia- S. Anna
18. Ferrovia Udine-Cividale.
Tra le reti ferroviarie sopra elencate le Ferrovie del Sud Est sono state trasferite alla società Ferrovie dello Stato Italiane S.p.a. ai sensi di quanto previsto dal decreto del Ministro delle infrastrutture e dei trasporti del 4 agosto 2016, pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale 17 settembre 2016, n. 218, Il trasferimento, secondo quanto previsto dal decreto-legge n. 50 del 2017 (articolo 47, comma 7), era subordinato alla sussistenza in capo alla medesima società, di qualità industriali e patrimoniali tali da fornire garanzia alla continuità del lavoro e del servizio.
Tale decreto del Ministro delle infrastrutture e dei trasporti è stato quindi emanato il 4 agosto 2016 a conclusione di una complessa procedura che ha portato all'accertamento che l'entità del patrimonio netto negativo di Ferrovie del Sud est e servizi automobilistici s.r.l. ammontava a circa a 200 milioni di euro. Il decreto ministeriale ha stabilito il trasferimento della società a Ferrovie dello Stato Italiane S.p.A. sostanzialmente a condizioni di mercato con la condizione che la stessa S.p.A. si impegnasse a provvedere nei termini di legge alla rimozione dello squilibrio patrimoniale della società trasferita. Si prevede che Ferrovie dello Stato Italiane S.p.A. provveda altresì a predisporre apposito piano industriale di rilancio della Società Ferrovie del Sud Est e che la procedura di concentrazione sia conclusa entro il 31 dicembre 2016 (il trasferimento è avvenuto il 28 novembre 2016). La procedura ha comportato il passaggio del 100% delle azioni di Ferrovie del Sud Est dal Ministero delle infrastrutture e dei trasporti a Ferrovie dello Stato Italiane -come un trasferimento che mira all'efficientamento delle partecipazioni pubbliche nell'ambito di una riorganizzazione all'interno di un insieme economico unitario facente capo allo Stato.
Nel corso dell'audizione dei vertici della società Ferrovie del Sud Est, svoltasi il 24 ottobre 2017, presso la Commissione trasporti sono stato forniti diversi elementi riguardo alla situazione e alle prospettive della società che, a fronte della domanda inoltrata il 12 gennaio 2017, è stata ammessa al concordato preventivo.