Le fondazioni di origine bancaria sono i soggetti che hanno effettuato le operazioni di conferimento dell'azienda bancaria, ai sensi delle disposizioni della legge 30 luglio 1990, n. 218 (c.d. legge Amato), attuata con il D.Lgs. n. 356/90. In origine, infatti, le fondazioni bancarie furono pensate prevalentemente come depositarie dei patrimoni delle Casse da privatizzare: in tal modo si è prevenuti alla costituzione di due distinti soggetti, l'ente conferente (la c.d. fondazione bancaria) e la società conferitaria, ovvero la banca vera e propria. Per incentivare la trasformazione in società per azioni delle banche pubbliche, la legge ha previsto uno speciale regime tributario volto ad agevolare le operazioni di fusione, scissione, trasformazione e conferimento.
Con la cosiddetta legge Ciampi, la n. 461 del 1998 e il successivo decreto legislativo n. 153 del 1999, fu invece imposto loro l'obbligo di rinunciare al controllo delle relative banche. Le fondazioni sono state disciplinate quali enti di diritto privato, con piena autonomia statutaria e gestionale, tenuti a perseguire fini di utilità sociale e di promozione dello sviluppo economico, operando nel rispetto del principio di economicità e gestendo il patrimonio in modo da ottenerne un'adeguata redditività. Sono stati indicati alcuni settori rilevanti: ricerca scientifica, istruzione, arte, sanità, conservazione e valorizzazione dei beni culturali e ambientali, assistenza alle categorie sociali più deboli. Per quel che concerne gli organi di governo delle fondazioni, sono individuati tre organi necessari con funzioni, rispettivamente, d'indirizzo, di amministrazione e di controllo. Nell'organo d'indirizzo deve essere assicurata un'adeguata e qualificata rappresentanza del territorio. L'iniziale obbligo di detenere la maggioranza del capitale sociale delle banche conferitarie è stato sostituito da un obbligo di segno opposto: le fondazioni hanno dovuto dismettere le partecipazioni di controllo nelle aziende bancarie.
Il regime fiscale delle fondazioni è stato assimilato a quello degli enti non commerciali, con l'applicazione dell'imposta sui redditi (IRES) con aliquota dimezzata rispetto a quella ordinaria. Tale agevolazione sarebbe venuta meno qualora non avessero provveduto alla dismissione delle partecipazioni di controllo nelle aziende bancarie.
Con la legge finanziaria 2002 (articolo 11 della legge 28 dicembre 2001, n. 448) sono stati estesi gli ambiti d'intervento delle fondazioni bancarie, con riferimento a settori caratterizzati da rilevante valenza sociale. Sono state rafforzate la rappresentanza degli enti territoriali nell'organo di indirizzo della fondazione e le disposizioni in materia di incompatibilità. E' stato infine differito (fino al giugno 2006) il termine per la dismissione della partecipazione nelle banche conferitarie.
Sulla materia è poi intervenuta la Corte costituzionale che con le sentenze n. 300 e 301 del 2003 si è pronunciata sulla legittimità costituzionale delle disposizioni introdotte nel 2001. In sintesi, è stata ribadita la natura privatistica delle fondazioni bancarie. E' stata dichiarata l'illegittimità costituzionale delle disposizioni che disponevano la prevalenza negli organi di indirizzo delle fondazioni di rappresentanti di Regioni, Province, Comuni, Città metropolitane, anziché "una prevalente e qualificata rappresentanza degli enti, pubblici e privati, espressivi delle realtà locali" e quelle che prevedevano forme d'indirizzo del Ministero del tesoro.
L'articolo 52 del D.L. n. 78 del 2010 ha chiarito che la vigilanza di legittimità sulle fondazioni di origine bancaria è attribuita al Ministero dell'economia e delle finanze, il quale entro il 30 giugno di ogni anno trasmette una relazione al Parlamento circa l'attività svolta dalle fondazioni nell'anno precedente, con riferimento, tra l'altro, agli interventi finalizzati a promuovere lo sviluppo economico-sociale nei territori locali in cui operano le medesime.